乐清湾为海湾类型的生态系统,2004年被列为我国近岸海域生态监控海区。范围包括玉环大岩头灯标经大、小乌山、北小门山至乐清岐头山咀连线以北的全部乐清湾海域，面积约463.6平方公里。

乐清湾自然风貌

2007年春季（4月份）和夏季（8月份）两个航次的监测结果表明，乐清湾生态系统依然处于亚健康状态，接近不健康水平。

环境质量现状水质污染严重，主要污染物为营养盐类，春季全湾水质为劣四类，夏季76％的海域水质为四类或劣四类；海洋沉积物质量良好；部分生物体内重金属砷、铅残留水平偏高，超出一类海洋生物质量标准。

生物群落现状生物群落结构状况异常，浮游植物夏季平均密度偏高；浮游动物春季平均密度偏低，夏季平均生物量偏高；大型底栖生物春季和夏季平均栖息密度和平均生物量均偏高。

目前，乐清湾的主要生态问题为：

海水营养盐污染严重，全湾水体处于富营养化状态，内湾最为显著。

海洋生物栖息地不断丧失和改变。全湾约有38％的海涂已被围垦，总面积达82.9平方公里。围海填海改变了湾内的原来流场和水动力条件、加剧了泥沙冲淤，造成底栖环境变异。

乐清湾外来物种——互花米草大面积蔓延，分布面积已达9.3平方公里。