海洋功能区水质达标率是碧海生态建设的重要指标。2007年，对包括海水增养殖区、海洋保护区等82个海洋功能区的水质达标率评价显示，全市海洋功能区水质达标率为39.0%，较上年提高3.6%。

4.1 海水增养殖区

2007年，全市对3个海水增养殖区进行了水质、底质和养殖生物质量监测。全年编制和发布了6期重点海水增养殖区环境质量状况通报。海水增养殖区环境质量的监测与评价，对保证养殖功能区的持续利用及养殖生物食用安全起到了积极作用。

乐清海水增养殖区

位于小横床附近海域，网箱养殖大黄鱼、美国红鱼、鲈鱼，底播增养殖泥蚶、缢蛏等，增养殖区总面积约360公顷。

2007年4～9月，增养殖区水体营养指数范围为0.58～20.97，有5个月水体富营养化，pH值、溶解氧含量均符合海水养殖水质标准；沉积物环境良好，各项监测指标均符合一类海洋沉积物质量标准；增养殖区及毗邻海域未发生赤潮；养殖期间未发现明显养殖病害。较适宜养殖。

洞头海水增养殖区

位于三盘港海域，网箱养殖美国红鱼、真鲷、黑鲷，浮筏式养殖羊栖菜等，增养殖区面积约44公顷。

2007年4～9月，增养殖区水体营养指数范围为0.20～5.18，有4个月份水体富营养化，pH值、溶解氧含量符合海水养殖水质标准；沉积物环境良好，沉积物各项监测指标均符合一类海洋沉积物质量标准；增养殖区及毗邻海域发生赤潮1次；养殖期间未发现明显养殖病害。较适宜养殖。

苍南海水增养殖区

位于龙沙乡、大渔镇海域，浮筏养殖紫菜，底播养殖缢蛏，池塘养殖青蟹、大弹涂鱼等，增养殖面积约300公顷。

2007年4～9月，增养殖区水体营养指数范围为0.11～4.27，有4个月份水体富营养化，pH值和溶解氧含量符合海水养殖水质标准；沉积物环境良好，沉积物各项监测指标均符合一类海洋沉积物质量标准；增养殖区毗邻海域发生赤潮1次；养殖期间未发现明显养殖病害。较适宜养殖。

4.2 海水浴场

南麂大沙岙海水浴场

2007年6月24日至10月7日，开展了南麂大沙岙海水浴场环境质量监测，通过中央电视台、国家海洋局网站、浙江人民广播电台、温州都市报等媒体发布了海水浴场水质状况和未来3天的健康指数、适宜度和最佳游泳时段预报。

根据水质、水文和气象等监测指标进行年度综合评价，结果表明：南麂大沙岙海水浴场水质为优的天数达100％；健康指数为95，达优秀水平；适宜、较适宜游泳时间占81%，不适宜游泳的主要原因是风浪偏大。