2004年最新监测显示，我省珊瑚礁和海草生态系统相对稳定，生态系统处于健康状况。

3.1 珊瑚礁生态系统

2004年，我省西沙、中沙、南沙海域和海南岛沿岸海域的珊瑚礁系统相对稳定。

鹿回头海域 珊瑚平均盖度51.1%，活珊瑚平均盖度高于20%,小型鱼类分布较多，珊瑚礁生态良好；硬珊瑚平均补充量为1.08个/m²，区内珊瑚礁生态系统呈良好的恢复趋势。

受河流携带的污水排放影响，三亚河入海口附近海域珊瑚礁盖度较其他区域明显偏少。

鹿回头海域的玫瑰鹿角珊瑚

榆林湾海域 珊瑚平均盖度为24.5%，硬珊瑚平均补充量为0.16个/m²，珊瑚生长基本正常。

受周边城市污水排放和养殖生产影响，部分海域珊瑚覆盖度少于10%，区内海藻生长较多，浮游植物丰富，叶绿素含量较高，珊瑚礁生态环境面临较大压力。

蜈支洲海域

潭门港海域

活珊瑚零星分布，区内珊瑚平均盖度为51.5%，其中活珊瑚平均盖度仅为13.0%，硬珊瑚平均补充量为0.85个/m²

受陆源排污影响，潭门港海域环境恶化，海水水质以四类或劣四类为主，死珊瑚平均盖度高达38.5%，珊瑚礁资源明显衰退。

龙湾港海域

活珊瑚稀少，珊瑚平均盖度为45.2%，其中活珊瑚平均盖度仅为7.9%，硬珊瑚平均补充量为0.25个/m²

长圮港海域 区内珊瑚平均盖度为65%，但活珊瑚平均盖度仅0.33%，死珊瑚盖度高达64.7%。区内珊瑚礁多为礁石和礁盘。

长圮港海域水交换条件差，部分海域海水呈富营养化状态，马尾藻大量繁殖，对珊瑚的正常生长繁殖构成严重威胁。

铜鼓岭海域

铜鼓岭海域珊瑚礁多年来遭受人为破坏，大部分珊瑚基本停留在被破坏后的原状，珊瑚生长明显受损。

绚丽多姿的珊瑚礁生境

珊瑚礁生态构成了我省绚丽多彩的独特的海洋生态系统，但珊瑚礁生态相对较脆弱，陆源排污、海洋资源开发活动以及人为破坏等，对海南岛东海岸的珊瑚礁生态系统的健康构成威胁。