陆源污染物仍然是影响海洋环境的主要因素，2003年全市污水排放总量为22059万吨（其中生活污水排放量为17109万吨，工业废水排放量为4950万吨），化学耗氧物质（COD）50566吨。

监测结果表明，2003年通过闽江携带入海的污染物总量达到268043吨，其中氨氮19805吨、磷1160吨、化学耗氧物质（COD）172335吨、油类7755吨、重金属2114吨，与2002年相比有不同程度的增加。

2、海上污染物

海上污染物主要为海洋机动船舶排放的含油废水、污水与生活垃圾以及海水养殖业的自身污染。据统计，2003年仅福州市海上作业的机动渔船就达1.318万艘；海水养殖面积近3万公顷，养殖网箱11.32万个，总面积297.58公顷，传统的网箱养殖对海洋环境影响较大。