为了保护和改善海洋环境，泉州市政府于2003年8月制定出台了《泉州市海域污染整治工作方案》，《方案》明确了海域污染整治的指导思想、工作目标、部门职责，通过宣传发动，控制陆源污染排放，整治重点区域，保护海洋生态，加强执法和加大投入等主要对策和措施，全面组织实施海域污染整治的各项工作任务。

2003年8月，泉州市政府出台了《泉州市海洋赤潮防灾减灾工作预案》，要求沿海县（市、区）海洋与渔业主管部门要因地制宜，结合实际，充分利用现有的海洋和渔业环境监测单位，海监、渔政、水产技术推广站、渔船、养殖户和赤潮监视志愿者等构成全市海域趋势性赤潮监测网络，增强赤潮监视监测能力，全面开展赤潮监视监测工作。

泉州市政府制定出台了《泉州市海域采砂管理暂行规定》及《泉州市人民政府关于严禁违法开采海砂的通知》等政策措施。按照市政府的部署，海洋与渔业联合其他涉海部门开展打击违法开采海砂行动，先后查处了违法采砂船130艘次，罚款165万元。

泉州市海洋监察、海洋与渔业环境监测机构相继成立，进一步加强了海洋综合管理能力。2003年6月、7月泉州市编委先后批复，成立中国海监泉州市支队和泉州市海洋与渔业环境监测站。

泉州市沿海污水处理集中控制区建设快速发展。至2003年，已建集控区为：石狮市大堡、伍堡、锦尚和晋江市深沪的漂染企业污水处理厂、晋江市的可慕皮革污水处理厂，其中石狮伍堡集控区通过技术改造采用深海排放方式处理污水，5个集控区总日处理污水量达8.8万吨，今年将新建和扩大规模污控区3个，新增污水处理量近5万吨。工业污水集中控制和管理走出了一条可持续的环保产业化路子，使陆源入海污水排放有序，监控有效，促进了经济与环保的协调发展。

2003年6月、10月市海洋与渔业局两次联合市环保局、水利局开展晋江、洛阳江流域及海洋环境陆源污染执法检查，打击违法排污行为。2003年海洋环境保护列为沿海乡镇领导环保绩效考核的重要内容，11个沿海乡（镇）接受环保绩效考核。这一举措提高了沿海乡镇领导海洋环保的责任意识。

颁布实施全市大比例尺海洋功能区划。完成全市大比例尺海洋功能区划工作，该区划经省人民政府批准，于2003年6月26日由泉州市人民政府颁布实施。

完成县际间海域勘界试点及海河划界任务。在各级各有关部门的通力协作下，已勘定8条县际间海域界线，圆满完成了县际间海域勘界试点工作。至2003年10月，已全面完成海河划界工作任务，共划定海河界线33条，其中市级4条，县级29条。

为保证人民群众食用水产品安全，泉州市委、市政府加大治理餐桌污染力度，将贝类净化列入2002年度为民办实事项目之一。该项目一期投资200万元，达到日净化30吨的能力 ，采用先进国家普遍使用的紫外线C消毒杀菌技术。2003年6月项目投产，净化后的贝类产品不含泥土、沙粒，口感佳。经检测后，贝体每100克大肠杆菌为20～140MPN，低于欧盟200MPN标准。

在全市16个重点渔港对废旧船舶残骸进行地毯式调查摸底，记录登记，共清理废旧船舶残骸336艘，清理过的渔港清洁、有序、安全，面貌焕然一新。