2003年监测结果表明：漳州绝大部分近岸海域海水水质良好，属清洁和较清洁海域，水质中主要污染物为油类和铅。

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东山湾口海域溶解氧含量符合较清洁海域水质标准，其它海域符合清洁海域水质标准。

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漳州海域海水中油类含量较高，九龙江入海口油类含量在清洁级线以下，其余海域均超过清洁级线但均在轻度污染级线内，为轻度污染海域。

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九龙江入海口无机氮含量较高，属较清洁海域，其余海域含量均在清洁级线以下，属清洁海域；漳州各海域无机磷含量均在清洁级线以下，属清洁海域。

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清洁级线：用国家海水水质标准中一类海水水质标准进行评定。

较清洁级线：用国家海水水质标准中二类海水水质标准进行评定。

轻度污染级线：用国家海水水质标准中三类海水水质标准进行评定。

中度污染级线：用国家海水水质标准中四类海水水质标准进行评定。