宁德市政府高度重视海洋生态环境保护，2002年建立了“宁德市海洋生态特别保护区”，总面积为543.9平方公里。该保护区包括6个相对独立、生态结构和功能各异、保护对象和着重点不同的保护区，即：官井洋大黄鱼繁殖保护区、西洋岛龟足繁育保护区、福宁湾尖刀蛏繁育保护区、台山列岛厚壳贻贝繁育保护区、福瑶列岛海岛生态系统保护区、日屿岛海岛生态系统保护区，并在盐田港设立白海豚观察站。

2003年宁德市海洋与渔业局在各保护区设立标志，完善管护设施，并着手制定《宁德市海洋生态特别保护区总体规划》。

目前，保护宣传力度逐步加大，人们对珍稀野生动植物的保护意识逐步加强，渔民经常救助搁浅的海豚和放生误捕的海龟，主动配合渔政部门对珍稀的水生野生资源进行保护，制止滥采滥捕、过度破坏等现象，保护工作取得较好进展。