2005年，上海市海洋局对长江口近岸海域生态监控区开展了生态监测。监测内容包括环境质量、生物群落结构、产卵场功能以及开发活动等。

5.1海洋生物多样性

8月，浮游植物共鉴定出4门76种，主要优势种为中肋骨条藻，总数量平均值10.7×10⁴个/升。浮游动物共鉴定出61种，不同海域优势种类差别较大，平均密度为2703个/立方米，平均生物量为491.66毫克/立方米。底栖生物共鉴定出67种，生物栖息密度平均值为97个/平方米，生物量平均值为5.054克/平方米。与2004年相比，海洋生物种类数有所降低。

2005年冬季和夏季海洋生物多样性指标

5.2海洋生态系统健康

长江口生态监控区水体富营养化严重，约70%的海域无机氮含量水平和40%的海域活性磷酸盐含量水平劣于四类海水水质标准。4月份表、底层氮磷比分别为73：1和50：1，较上年有所好转；8月份表、底层氮磷比分别为73：1和31：1，表层富营养化程度较上年略有增加，底层略有好转。各项监测指标分层现象明显，且存在一定的区域差异，部分海域受到石油烃的轻微污染。沉积环境质量状况良好。

浮游植物密度波动较大，4月份平均密度为 9×103 个/立方米，8 月份平均密度为 3 400×104 个/立方米。浮游动物也存在着差异，4月份平均密度为 756个/立方米，8月份平均密度为4 814个/立方米。底栖生物量4月份平均值为6.97克/平方米，8月份平均生物量为 12.23克/平方米。产卵场退化，鱼卵、仔鱼的种类少、密度低，平均每百立方米有4个鱼卵和 60尾仔鱼。

浮游植物、浮游动物和底栖生物种类数量呈逐年下降的趋势，尤其口门以内海域最为严重。与90年代相比，浮游植物种类减少了47%；浮游动物减少了60.5%；底栖生物种类减少了近80%。生物群落结构已经发生了明显变化，优势种的优势度明显，种类个体数量分布极不均匀，浮游植物中硅藻比重明显减少，甲藻增加，浮游动物中一些大型个体在该区域的比重增加。

陆源排污、滩涂围垦和河口航道整治等活动造成长江河口生境破碎化，威胁了长江口生态系统的健康。