依据国家海洋局《2006年海洋环境监测工作方案》、广东省海洋与渔业局《2006年广东省海洋与渔业环境监测工作方案》及汕头市海洋与渔业局《2006年汕头市海洋与渔业环境监测方案》，广东省海洋与渔业环境监测中心和汕头市海洋与渔业局资源环境监测站联合，对汕头市近岸海域进行环境质量监测、赤潮监测监视，对韩江、榕江入海污染物总量和14个陆源入海排污口实施监测，对主要海水增养殖区生态环境和养殖生物质量、无公害水产品生产基地的养殖用水海域环境进行监测，对无公害水产品进行抽样检查，这些监测点基本覆盖了我市近岸海域重要的渔业水域、主要海洋开发区、重点滨海旅游区及重要港口区。

监测结果显示：我市大部分海域水质符合《海水水质标准》二类标准。主要的鱼、虾、贝、藻类养殖区海水符合海水增养殖用水要求；重点滨海旅游区及海水浴场水质总体良好，各项指标均符合海水浴场的水质要求；沉积物符合《海洋沉积物质量》一类标准；海洋生物符合《海洋生物质量》一类标准。南澳县、濠江区和潮南区近岸盐度高于30的海域受陆源污染较轻、水质良好（二类以内），南澎列岛海洋生态自然保护区（省级，面积600多平方公里）等偏外海域大部分符合一类标准。

但是，仍有小部分近岸海域受到轻度至中度污染，尤以汕头港及港外海域、海门港和莱芜港等港口及韩、榕、练三江入海口附近海域为污染区，主要污染物质为无机氮、无机磷、石油类等。部分网箱养殖区、港内贝类养殖区及市区附近一些受陆源排污直接污染的海水浴场水质经常超过二类海水标准。一些河流入海口附近海域沉积物铅、镉、砷含量超过一类标准，个别受陆源污水污染的采样点生产的贝类重金属镉、铅、砷含量超过海洋生物质量一类标准。

2006年，汕头市发生赤潮1起，地点在濠江区广澳至海门港往外约5海里范围海域，面积约40平方公里，持续时间十天左右，优势种为中肋骨条藻，属无毒硅藻，本次赤潮对养殖业直接影响不大，赤潮区生产的水产品不会对人体健康造成损害。近年来，我市近岸海域每年均发生赤潮1～2次，尽管未对水产养殖业造成较大的经济损失，但对天然渔业资源和渔业生态环境影响较大，严重制约着渔业生产活动的正常开展。

2006年，我市没有出现海洋渔业污染事故，但受台风“珍珠”正面袭击，渔业经济损失重大。