2008年，深圳市海洋局继续组织开展了深圳海域海洋环境质量现状监测、陆源入海排污口及其邻近海域监测、海水增殖区监测、海水浴场监测、滨海旅游度假区监测、盐渍化监测以及海洋赤潮监测、海洋污染事故应急监测与调查等多个监测项目，累计监测站位81个，获取各种海洋环境监测数据2万余条，形成了包括海水质量、沉积物质量、生物质量、入海污染物、赤潮生物在内的多个监测评价指标。2008年监测结果表明：

（1）深圳市近岸海域环境质量总体状况良好，在所有监测站位中，达到国家二类海水水质标准（GB3097-1997）的比例为51.35%，东部的大鹏湾、大亚湾海域明显好于西部的深圳湾和珠江口海域，东部海域86%的监测站位达国家二类海水水质标准；水质主要污染物为无机氮、活性磷酸盐和石油类，超标率分别为40.5%，16.2%和8.1%；与2007年相比，深圳市近岸海域环境恶化趋势得到有效控制，严重污染及中度污染水域面积基本持平，但较清洁海域面积明显增加，增幅达300平方公里左右。

（2）深圳市近岸海域生物质量总体状况良好，所检测的贝类体内有机物和重金属污染物残留均符合国家一类海洋生物质量标准（GB18421-2001）。

（3）近岸海域海水增养殖区、海水浴场、滨海旅游度假区、人工鱼礁区等重要海洋功能区环境质量状况基本良好，海洋自然保护区与港口航道区等海洋功能区环境质量状况污染较为严重，在所监测的47个功能区中，有32个功能区环境质量达标，功能区达标率为68%。

（4）在陆源入海排污口监测中，16个入海排污口中有10个排污口的污染物排放超标，超标率达62.5%，主要超标污染物为氨氮、无机氮和磷酸盐，此外还有个别排污口的六价铬和粪大肠菌群超标；重点排污口深圳市蛇口工业区污水处理厂排污口与深圳市葵涌河入海口邻近海域环境污染严重，14个监测站位水质监测结果全部超过国家海水水质四类标准，陆源入海污染物已对其邻近海域的海洋自然保护区、度假旅游区、渔港和渔业设施基础建设区等功能区的使用造成一定的影响。

（5）全年近岸海域共发生赤潮7起，其中深圳湾1起、大鹏湾4起、大亚湾2起，均为无毒赤潮；赤潮发生区域累计面积28.1平方公里，主要赤潮物种为夜光藻，由于发现及时，采取措施到位，2008年赤潮灾害未对我市海洋渔业生产活动造成重大经济损失。

2008年深圳市全海域环境质量监测站位图