2008年，自治区海洋局组织沿海各级相关海洋主管部门，切实履行海洋环境管理监督的职责，加强监测体系建设，提高监测水平和能力。全面开展了我区邻近海域环境质量现状和趋势监测，海水增养殖区、滨海旅游度假区、海水浴场、海洋自然保护区等海洋功能区监测，陆源入海排污口及其邻近海域环境质量监测，赤潮监控区监测，生态监控区监测以及海水入侵、土壤盐渍化监测等工作。广西海洋监测预报中心，北海、钦州、防城港三市海洋环境监测站，山口、北仑河口自然保护区管理处具体实施各项监测任务。国家海洋局南海环境监测中心、广西红树林研究中心为监测提供了必要的技术支持。

监测结果表明，我区管辖的大部分海域为清洁海域和较清洁海域；海域的海洋沉积物、海洋生物质量基本保持良好状态；近岸典型生态系统基本健康；海洋功能区的海水水质能满足其使用功能的要求；海洋自然保护区内的珍稀濒危物种和生态环境得到有效保护。但随着我区沿海经济的发展，海洋环境受到了一定程度的影响，特别是在北海的廉州湾、钦州的钦州港、茅尾海等近岸海湾、港口区内出现了一定程度的污染现象，属轻度污染海域。