2003年，厦门市委、市政府在建设海湾型城市中，进一步落实《中华人民共和国海洋环境保护法》，加强了海域生态环境质量监控和生态环境治理工作。厦门市海洋与渔业局组织开展了海洋环境质量监督性监测（包括陆源排污、九龙江入海污染物总量和建设项目环境影响跟踪监测等）、趋势性监测（包括厦门海域水质、底栖环境质量和生物质量监测等）、海洋功能区环境质量监测（包括海水浴场、养殖功能区、海洋珍稀物种国家级自然保护区监测等）和环境质量应急监测（包括海洋污染事故和赤潮应急监测与监视）等12项监测工作，共布设68个站位（图1，见中页）。

监测结果表明，2003年厦门海域环境质量总体上较2002年略有改善。厦门海域除东部海域、大嶝海域和同安湾海域海水水质基本符合Ⅱ类水质标准外，其他海域海水水质普遍超Ⅱ类或Ⅲ类水质标准，主要超标物为无机氮和无机磷。厦门海域沉积物质量除西海域和马銮内湾的部分指标外，其他海域和其他指标基本符合国家沉积物I类质量标准。海洋贝类生物质量总体较2002年有所改善，其中总汞、六六六、多氯联苯和麻痹性贝毒等物质的污染指数小于0.5，表明贝类未受这些物质的污染。厦门市椰风寨等八个主要海水浴场水质“优、良”等级占96.9%。自然保护区水质符合较清洁海域质量标准。厦门海域浮游植物物种多样性指数较低，但相对稳定；浮游动物物种多样性指数呈现稳定状态；底栖生物物种多样性属中等水平，各站位总生物量及栖息密度分布不均匀。

监测结果表明，厦门海域的污染源主要来自九龙江和沿岸陆源排污以及海水养殖、船舶排污等。2003年九龙江入海污染物总量约为1.77×10⁵吨，其中COD物质83.84%，其次是无机氮（15.28%）、总磷（0.75%）、油类（0.17%）和重金属（0.16%）。