2003年，重点河口生态环境质量监测的区域布设在双台子河口邻近海域。监测结果表明，河口区域活性磷酸盐污染严重，为1984年以来最高水平，营养盐比例失衡。10米等深线内表层盐度最高为34.3，较往年明显升高，低盐度区域面积减小。黄姑鱼卵平均密度为180个/百立方米，仔鱼数量50个/百立方米；小黄鱼仔鱼数量为210个/百立方米。与80年代同期相比，鱼卵和仔鱼的种类及数量均明显降低，产卵场的功能退化。底栖生物个体趋向小型化，生物多样性降低，栖息密度增加，小型底栖贝类占绝对优势，经济生物数量减少，河口生态系统的经济价值降低。