2005年，根据国家海洋局的统一部署，继续对南通启东至盐城射阳的苏北浅滩生态监控区进行了监测，涉及南通、盐城两市，启东、海门、通州、如东、海安、东台、大丰、射阳八县（市）。其中，重点监测区域设在如东、启东近岸海域，自32 °00′N至32°28′N，由海岸线向海一侧至领海基线，面积为3090平方公里。监测内容涉及滩涂底栖生物、渔业生物资源、养殖生物及水环境质量。通过调查、监测，基本掌握了苏北浅滩湿地生态环境现状和存在的问题，分析了陆源排污、滩涂养殖等人类活动对苏北浅滩湿地生态系统的影响，提出了保护海洋生态环境的建议，为海洋生态环境的保护和管理提供了依据。

2005年监测结果表明，苏北浅滩生态监控区生态系统仍处于亚健康状态。水体富营养化程度有所减轻，但营养盐比例失衡。8月份70%以上海域无机氮含量超过四类水质标准，20%以上海域活性磷酸盐含量劣于三类海水水质标准。部分海域受到石油烃、镉和汞的轻微污染。浮游植物密度显著偏高，5月份和8月份浮游植物平均密度分别为820×104细胞/立方米和6200×104细胞/立方米；浮游动物密度和生物量显著偏低，5月份和8月份浮游动物平均密度分别为573个/立方米和250个/立方米，平均生物量分别为90毫克/立方米和155毫克/立方米；底栖生物栖息密度和生物量仍然偏低。鱼卵和仔鱼平均密度继续呈增加趋势，鱼卵平均密度95个/立方米，仔鱼平均密度25个/立方米，但重要经济种类的数量下降。滨海湿地面积减少，2005年滩涂围垦近5万公顷。

陆源排污已成为威胁苏北浅滩湿地生态系统健康的主要因素。