自2004年起，根据国家海洋局的统一部署，连续三年对南通启东至盐城射阳的苏北浅滩生态监控区进行了监测，涉及南通、盐城两市，启东、海门、通州、如东、海安、东台、大丰、射阳八县（市）。其中，重点监测区域设在如东、启东近岸海域，自32 °00′N至32°28′N，由海岸线向海一侧至领海基线，面积为3090平方公里。监测内容涉及滩涂底栖生物、渔业生物资源、养殖生物及水环境质量。

2006年监测结果表明，生态系统仍处于亚健康状态。20%海域无机氮含量超三类海水水质标准，水体呈富营养化。沉积环境总体质量良好，部分海域镉含量偏高。饵料浮游生物丰富，生物群落结构状况一般，饵料浮游动物中的中华哲水蚤、磷虾等已不能形成优势种群，相对于上世纪80年代，饵料浮游动物生物量下降。底栖生物栖息密度和生物量偏低，三年中2006年为最低，平均密度仅为0.264个/m2，除了自身的繁殖和自然死亡外，还受到各种海洋动物的捕食以及人类捕捞的影响。潮间带生物密度和生物量组成中，以软体动物、多毛类、甲壳动物中的蟹类以及棘皮动物占优势；腔肠动物、腕足动物以及其它门类动物虽有分布，但数量较少。鱼卵和仔鱼水平拖网的平均数量2006年最低，2006年垂直拖网鱼卵数量远高于2004、2005年，仔鱼垂直拖网的数量略低于2004年，但远高于2005年。

三年来，苏北浅滩生态系统健康状况总体处于稳定状态，生态系统健康指数变化不大。水体富营养化程度与范围呈下降趋势，鱼卵和仔鱼数量持续增加，底栖生物栖息密度和生物量仍然偏低。陆源排污、滩涂围垦和过度捕捞等是威胁苏北浅滩湿地生态系统健康的主要因素。