2009年，国家海洋局南海分局与广东省海洋与渔业局、广西壮族自治区海洋局以及海南省海洋与渔业厅对南海区7个生态监控区进行了监测。监控区总面积达1.08×10⁴平方公里，包括10个生态系统，主要类型有海湾、河口、珊瑚礁、红树林和海草床等典型海洋生态系统。监测内容包括环境质量、生物群落结构、产卵场功能、珍稀濒危动物以及生态灾害等。

2009年南海区海洋生态监控区生态健康状态

监测结果表明，监控区内的10个生态系统中，处于健康状态的生态系统有5个，亚健康的4个，不健康的1个。南海区河口、海湾生态系统面临的主要生态问题是水质污染以及天然岸线和栖息地减少。珊瑚礁、红树林和海草床生态系统受人类直接干扰破坏、生态灾害及污染物排放的影响，结构和功能退化。

2004～2009年南海区海洋生态监控区健康状态