自2004年起，根据国家海洋局的统一部署，连续5年对南通启东至盐城射阳的苏北浅滩生态监控区进行了监测，涉及南通、盐城两市，启东、海门、通州、如东、海安、东台、大丰、射阳八县（市）。其中，重点监测区设在如东、启东近岸海域，自32 °00′N至32°28′N，由海岸线向海一侧至领海基线，面积为3090平方公里，监测内容包括底栖生物、浮游生物、渔业资源、养殖生物及水环境质量。

2008年监测结果表明，与2007年相比，2008年苏北浅滩生态环境状况有所改善，但仍处于亚健康状态。

环境质量状况：水体氮磷比失衡，局部海域活性磷酸盐含量劣于四类海水水质标准；近10%的海域沉积物中硫化物含量超三类海洋沉积物标准；部分生物体内铅含量偏高。

生物资源状况：主要生物群落密度及生物量增加，生物群落结构不尽合理。浮游植物平均密度为2006年以来最高；浮游动物平均密度和生物量均处近三年最低水平；底栖生物、潮间带生物密度和生物量均高于前二年；鱼卵密度较前四年相比大幅下降,仔鱼密度处于五年以来较高水平。

2006年～2008年生物密度监测结果

五年的连续监测结果显示，由于苏北沿岸各类保护区的建设及各项管理措施的实施，苏北浅滩生态系统健康状况基本稳定。水体氮磷含量呈下降趋势，但水环境质量指数波动较大，水体富营养化、营养盐失衡依然存在。鱼卵仔鱼、底栖生物、潮间带生物的密度及生物量近年来总体呈上升趋势，部分种类渔业资源基本稳定。但是区域环境污染、渔业资源总体衰退，特别是生物群落结构不合理等生态问题尚未得到有效遏止。其主要原因是陆源污染、滩涂围垦、海洋生物资源的不合理利用等。因此，促进该监控区健康状况进一步好转的对策是采取科学规划、合理利用滩涂资源，限制陆源入海排污量，减轻海洋环境和渔业资源的压力，降低海洋捕捞强度，实施增殖放流、人工鱼礁等生态修复工程，对重要的生物栖息地设立保护区，进行专项保护，逐步恢复苏北浅滩生态监控区的生态功能。