我省近岸海域生态系统多样，其中以珊瑚礁、红树林、海草床、泻湖生态系统最为典型。

6.1 珊瑚礁生态系统

珊瑚礁生态是热带海洋特有的生态系统。我省珊瑚礁主要分布于西沙、中沙、南沙海域，海南岛周边海域也有大面积分布，海南岛沿岸海域有珊瑚礁分布的岸线约400千米。

2003年，西沙、中沙和南沙的珊瑚礁生境状况良好；各种非法炸鱼、烧制石灰和非法偷采运销等毁礁事件明显减少，海南岛近岸海域的珊瑚礁生境得到初步恢复。

6.2 红树林生态系统

红树林是海南岛典型生物海岸之一，全省现有红树林面积4300公顷，多分布在咸淡水交界的河口、内湾地带，尤其是东寨港和清澜湾的红树林，面积较大，其林区生物多样性丰富，有鸟类、哺乳类、两栖爬行类、昆虫类、鱼类、海洋无脊椎动物及底栖动物等众多资源，构成特有的红树林生态。

2003年监测结果表明，清澜湾海域的水质基本符合国家一类海水水质标准；东寨港绝大部分水域的水质劣于国家一类海水水质标准，主要污染物为油类，其主要来源为港内各类机动船只排放的大量含油污水或燃油泄漏等。

6.3 海草床生态系统

海草床是浅海水域初级生产力最高的生物栖息地之一。目前，我省在东部海岸文昌至三亚近岸的局部海域有海草床分布，已发现的海草床面积分别为2～5平方公里不等，主要种类有喜盐藻、海菖蒲、泰莱草、二药藻等4种，构成良好的海草床生态。

在海南岛的西部海域极少发现海草床分布。

泰莱草草床边缘

6.4 泻湖生态系统

我省泻湖众多，如清澜湾、老爷海、新村港、花场湾、新英湾、铺前湾、小海、黎安港、铁炉港、红沙港等，泻湖区的生态环境十分脆弱，盲目围垦、无序开发、高密度的海水养殖、严重的陆源污染等行为都会影响泻湖的生态环境，甚至会导致泻湖功能丧失。

2003年，我省大部分泻湖区海洋环境和生态状况保持良好；老爷海、红沙港的局部海域受到一定程度的污染，主要是由于携带大量污染物质的地表径流注入海湾、泻湖区内养殖密度过高和各类船只排放的含油废水等原因造成的。