2006年对永定新河入海污染物进行的监测结果表明，由河流携带入海的主要污染物为化学需氧量和营养盐。其中化学需氧量污染严重，最大值出现在2006年3月份，为1385毫克/升，全年监测平均浓度为516.9毫克/升，氨氮全年平均浓度为5.73毫克/升，磷酸盐全年平均浓度为0.365毫克/升，石油类为0.334毫克/升，铅、镉全年监测均未检出。其它污染物含量较低，污染程度较轻，各月变化不大。全年监测以3月份污染最严重，8月份污染最轻。由于没有监测该河口的具体径流量，只对其浓度进行分析。