自2004年起，根据国家海洋局的统一部署，连续6年对南通启东至盐城射阳的苏北浅滩生态监控区进行了监测，涉及南通、盐城两市，启东、海门、通州、如东、海安、东台、大丰、射阳8县（市）。监测区域由盐城射阳至南通吕泗浅滩湿地及邻近海域（120°29′～122°10′E，31°41′～34°03′N），面积15400平方公里。监测内容涉及滩涂底栖生物、渔业生物资源、养殖生物及水环境质量。

2009年监测结果表明，苏北浅滩生态监控区生态系统仍处于亚健康状态。 海域水体主要受到无机氮、活性磷酸盐和石油类的污染，水体氮磷比处于失衡状态。水体中无机氮7.9%符合第三类海水水质标准，15.8%符合第四类海水水质标准，15.8%为劣四类海水水质标准；活性磷酸盐含量持续偏高，52.6%符合第一类海水水质标准，7.9%均符合第二类海水水质标准，18.4%符合第四类海水水质标准，21.0%为劣四类海水水质标准；石油类86.8%符合第一（二）类海水水质标准，13.2%符合第三类海水水质标准，部分海域受到油类污染。沉积物质量状况良好。部分生物体内石油烃污染物超一类标准。浮游植物38种，大型浮游动物53种，鱼卵9种，仔鱼15种，底栖生物58种，

潮间带生物40种。浮游植物密度较2007年和2008年高，浮游植物生物群落以赤潮种为主，浮游植物生态群落结构趋向简单。大型浮游动物年平均生物密度和生物量均处于三年来最高；鱼卵、仔鱼密度有一定的减少；底栖生物生物密度和生物量均处于近三年来最低；潮间带生物基本稳定。海洋生物栖息环境质量下降，湿地生境和生态系统健康状况受苏北沿海开发的压力较大。

2007~2009年苏北浅滩生态监控区生物资源年间变动

六年的连续监测结果显示，由于沿海各级政府管理力度加大，生态区健康状况基本稳定，渔业资源部分种类略有回升。但是部分区域环境污染、渔业资源衰退趋势尚未得到有效遏制，其主要原因是陆源排污、滩涂围垦等。因此，促进监控区健康状况好转的对策是采取科学规划、合理利用滩涂资源，限制陆源入海排污量，降低海洋捕捞强度，进一步实施伏季休渔、增殖放流、海洋牧场等生态修复工程，对重要的生物栖息地、产卵场、洄游通道等设立保护区，进行专项保护，减轻由污染等造成的环境压力，逐步恢复苏北浅滩湿地功能，推进江苏沿海大开发。