2006年，国家海洋局对18个生态监控区进行了生态监测。监控区总面积达5.2万平方公里，主要生态类型包括海湾、河口、滨海湿地、珊瑚礁、红树林和海草床等典型海洋生态系统。监测内容包括环境质量、生物群落结构、产卵场功能以及开发活动等。

2006年全国海洋生态监控区基本情况

* 2005年新增生态监控区，变化趋势指两年。

监测结果表明，绝大部分珊瑚礁、红树林和海草床生态系统处于健康状态，西沙群岛珊瑚礁生态系统，海南东海岸生态监控区内的珊瑚礁、海草床生态系统，广西北海生态监控区内的珊瑚礁、海草床及红树林生态系统以及北仑河口红树林生态系统健康状况良好，雷州半岛西南沿岸珊瑚礁生态系统处于亚健康状态。主要海湾、河口及滨海湿地生态系统处于亚健康或不健康状态。其中锦州湾、莱州湾、杭州湾和珠江口生态系统处于不健康状态，主要表现在富营养化及营养盐失衡，生物群落结构异常，河口产卵场退化，生境丧失或改变等。主要影响因素是陆源污染物排海、围填海侵占海洋生境、生物资源过度开发。连续三年的监测结果表明，我国长江口以北海域生态监控区的水质和生物群落结构略有好转，主要表现在海洋生物的密度和生物量有所恢复；长江口以南海域生态监控区的水质和生物群落结构略有下降，主要表现在水体富营养化呈增高趋势，浮游植物密度偏高，海洋动物的密度和生物量偏低。总体而言，我国近岸海洋生态系统生态环境恶化的趋势仍未得到有效缓解。