全海域未达到清洁海域水质标准的面积约14.9万平方公里，比2005年增加约1.0万平方公里，其中较清洁海域、轻度污染海域、中度污染海域和严重污染海域面积分别约为5.1、5.2、1.7和2.9万平方公里。轻度污染海域面积比2005年有较大幅度增加，其他各类污染海域面积与上年基本持平。一、二、三、四和劣四类水质的站位数占全部监测站位数的比例分别为37.5%、11.7%、23.5%、10.7%和16.6%。严重污染海域依然主要分布在辽东湾、渤海湾、长江口、杭州湾、江苏近岸、珠江口和部分大中城市近岸局部水域。

海水中的主要污染物是无机氮、活性磷酸盐和石油类。