2.1 海水环境质量
● 全海域海水环境质量
2009年，全海域未达到清洁海域水质标准的面积为146 980平方公里，其中较清洁海域面积70 920平方公里，轻度污染海域面积25 500平方公里，中度污染海域面积20 840平方公里，严重污染海域面积29 720平方公里。严重污染海域主要分布在辽东湾、渤海湾、莱州湾、长江口、杭州湾、珠江口和部分大中城市近岸局部水域。

海水中的主要污染物依然是无机氮、活性磷酸盐和石油类。

● 各海区海水环境质量
渤海 未达到清洁海域水质标准的面积为21 550平方公里，其中较清洁海域面积8 970平方公里，轻度污染海域面积5 660平方公里，中度污染海域面积4 190平方公里，严重污染海域面积2 730平方公里。严重污染海域主要集中在辽东湾、渤海湾和莱州湾近岸。主要污染物为无机氮、活性磷酸盐和石油类。
黄海 未达到清洁海域水质标准的面积为26 490平方公里，其中较清洁海域面积11 250平方公里，轻度污染海域面积7 930平方公里，中度污染海域面积5 160平方公里，严重污染海域面积2 150平方公里。严重污染海域主要集中在大连湾和江苏沿岸。主要污染物为无机氮、活性磷酸盐和石油类。

东海 未达到清洁海域水质标准的面积为68 190平方公里，其中较清洁海域面积30 830平方公里，轻度污染海域面积9 030平方公里，中度污染海域面积8 710平方公里，严重污染海域面积19 620平方公里。严重污染海域主要集中在长江口、杭州湾、象山港和乐清湾海域。主要污染物为无机氮和活性磷酸盐。
南海 未达到清洁海域水质标准的面积为30 750平方公里，其中较清洁海域面积19 870平方公里，轻度污染海域面积2 880平方公里，中度污染海域面积2 780平方公里，严重污染海域面积5 220平方公里。严重污染海域主要集中在珠江口海域。主要污染物为无机氮、活性磷酸盐和石油类。

2005～2009年各海区未达到清洁海域水质标准的面积（平方公里）

2.2 沉积物质量
2009年全海域沉积物质量状况总体良好。近岸局部海域沉积物受到镉、铜、滴滴涕和石油类污染，上述污染物含量超第一类海洋沉积物质量标准的站位比例分别为10.6%、7.9%、7.6%和7.5%。
渤海 近岸海域沉积物质量状况一般。其中莱州湾沉积物质量状况良好；大连渤海近岸沉积物质量状况总体良好，主要污染物为石油类；辽东湾沉积物质量状况一般，局部海域受到镉、砷和石油类污染，个别站位砷污染严重；渤海湾沉积物质量状况较差，主要污染物为多氯联苯。
黄海 近岸海域沉积物质量状况良好。其中烟台至威海近岸、青岛近岸和苏北近岸海域沉积物质量状况良好；黄海北部近岸沉积物质量状况较差，主要污染物为石油类和滴滴涕。
东海 近岸海域沉积物质量状况良好。其中长江口、杭州湾、台州和温州近岸沉积物质量状况良好；宁德近岸沉积物质量状况一般，主要污染物为滴滴涕；闽江口至厦门近岸沉积物质量状况一般，局部海域受到滴滴涕污染，个别站位滴滴涕和石油类污染严重。
南海 近岸海域沉积物质量状况良好。其中粤东近岸和粤西近岸沉积物质量状况良好；海南近岸沉积物质量状况总体良好，主要污染物为镉；珠江口沉积物质量状况一般，主要污染物为铜，部分海域受到石油类污染；广西近岸沉积物质量状况一般，局部海域镉污染严重。
多年监测与评价结果表明，辽东湾、莱州湾、青岛近岸、苏北近岸和广西近岸海域沉积物中石油类含量呈显著上升趋势；渤海湾和长江口沉积物中镉含量呈显著下降趋势。