全国海洋生态调查和监测结果表明，2002年我国海洋生态保护工作取得新进展，特别是通过采取建立海洋自然保护区等措施，使局部海域生境和部分物种得到保护和初步恢复。但是，由于不合理的海洋开发利用活动尚未得到有效控制，海洋生态环境问题仍然十分严重。

我国近岸海域海洋生态所面临的主要问题是：近岸海域生境恶化，生态系统结构失衡，典型生态系统受损，生物多样性和珍稀濒危物种减少，赤潮等海洋生态灾害频发，外来物种入侵产生危害。同时，人为破坏海洋生态的违法行为仍未得到有效遏制。

5.1 海洋生态系统结构失衡

由于经济的快速发展，我国近岸海域生态压力不断增加，生境恶化，海洋生态系统结构失衡，典型生态系统遭到严重破坏，生物栖息地丧失严重，主要传统经济鱼类资源衰退，海水养殖品种种质退化严重。

随着近岸海域富营养化程度的加剧，外源性营养盐的大量输入导致海水营养盐结构失调，海水中浮游植物的种类组成、数量分布和物种多样性均发生了显著的变化。2002年6月，长江口、辽河口等重要河口区海域浮游植物数量较1959年同期增加了4－5个数量级。

5.2 典型生态系统遭到破坏

●滨海湿地锐减

石油开发和围填海等人为活动导致我国滨海湿地丧失严重。据初步估算，我国累计丧失滨海湿地面积约219万公顷，占滨海湿地总面积的50%。例如，双台子河口1987年天然芦苇湿地面积为6.04万公顷，2002年减少为2.4万公顷，15年间减少了60.3%，芦苇天然湿地丧失幅度高于全国平均水平。由于滨海湿地消失，许多鸟类等珍稀动物的生存受到严重威胁。

●红树林生境破坏

我国的红树林主要分布在广西、海南、广东和福建沿岸。20世纪50年代全国红树林面积约5.5万公顷，至2002年，红树林面积已不足1.5万公顷，减少了73%，广东、海南和广西红树林分布面积分别减少82%、52%和43%。

●珊瑚礁生境丧失

我国珊瑚礁种类约200多种，主要分布在海南、广西、广东和福建等沿海。由于大量开采珊瑚礁，近岸海域珊瑚礁生态系统受到严重破坏。保护区的建立遏制了珊瑚礁的人为破坏，并呈现出逐步恢复的趋势，但其他区域珊瑚礁生态系统人为破坏仍在继续，珊瑚礁分布面积已经减少80%。

●海草床生境消失

我国沿海从南到北都有海草资源分布，海草床是浅海水域初级生产力最高的生物栖息地之一。目前，我国海草床生态系统正受到人类活动的严重威胁，例如海南岛龙湾非常适合海草生长，但由于近几年对虾养殖业的发展，导致该海域海菖蒲、泰莱草叶面上的沉积物层加厚，光合作用能力降低，整片海草床呈现老化和退化趋势。

5.3 海洋珍稀濒危物种减少

我国珍稀濒危海洋生物物种正在日趋减少，每年有大量的东方鲎和海龟遭到捕杀；中华白海豚近年来数量骤减，已成为濒危物种；斑海豹、库氏砗磲、宽吻海豚、江豚、克氏海马、黄唇鱼等国家保护动物也遭到人类过度捕捞。

5.4 外来物种入侵

由于海水养殖引种和水族馆饲养业大规模发展、鲜活水产品广泛流动及远洋运输船舶压舱水排放等原因，导致海洋外来物种的广泛传播，有的已产生入侵危害，造成当地物种消失严重，生态结构失衡。至2002年，我国已从国外引进鱼、虾、贝类等海洋经济生物26种，盐碱地栽培植物2种。某些外来生物入侵已对局部区域造成严重破坏，如大米草肆虐福建沿海，已占据了闽东100平方公里的滩涂，破坏了当地红树林生境，引起生物多样性降低，目前已侵犯到渤海黄河三角洲地区。同时，外来物种的生物杂交有可能造成遗传污染或带入多种病原生物，对现有的海洋生态系统构成威胁。