2006年，国家和地方海洋行政主管部门组织开展了我国管辖海域环境质量现状和趋势监测，陆源入海排污口及邻近海域监测，典型海洋生态脆弱区监测，建设项目海洋环境影响跟踪监测，海洋污染事故应急监测，奥运帆船赛区海洋环境质量监测，海水增养殖区、海洋保护区、滨海旅游度假区、海水浴场、海洋倾倒区、海上油气开发区等重要海洋功能区监测以及赤潮、海岸侵蚀、外来物种入侵等海洋环境灾害监测与调查。
2006年，承担全国海洋环境监测任务的部门和单位150余个，共计动用各类监测船只200余艘，航时近20 000小时，总航程16余万海里；海监飞机近350架次，航时750多小时，总航程近25万公里；监测车辆120余辆，行驶总里程260余万公里；共设立各类监测站位8 800多个；年累计接收15 000余条轨道卫星数据，处理数据量约800GB；获得近180万组海洋环境监测数据。
监测结果表明，2006年我国海域总体污染形势依然严峻。全海域未达到清洁海域水质标准的面积为14.9万平方公里，污染海域主要分布在辽东湾、渤海湾、长江口、杭州湾、江苏近岸、珠江口和部分大中城市近岸局部水域。近海大部分海域为清洁海域，远海海域水质保持良好状态。近岸海域海水中主要污染物是无机氮、活性磷酸盐和石油类。近岸海域沉积物总体质量良好。近岸海域部分贝类体内污染物残留水平依然较高。81%的入海排污口超标排放污染物，多数排污口邻近海域环境污染严重，对周边海洋功能区的损害加剧。河流携带入海的污染物持续增高，河口生态环境受损。由大气输入海洋的污染物通量仍呈上升趋势。
近岸海域生态系统健康状况恶化的趋势尚未得到有效缓解，大部分海湾、河口、滨海湿地等生态系统仍处于亚健康或不健康状态，主要表现在水体富营养化及营养盐失衡、河口产卵场退化、生境丧失或改变、生物群落结构异常等。我国目前仍处于赤潮多发期，因有毒藻类引发或协同引发的赤潮仍维持在较高水平，赤潮多发区主要集中在渤海湾、长江口外和浙江中南部海域。海岸侵蚀范围和强度仍在不断增大。海洋外来物种入侵现象严重。滨海旅游度假区、海水浴场环境状况良好。海洋倾倒区和海上油气开发区环境质量基本符合功能区环境要求。