依据《2003年广东省海洋与渔业环境监测工作方案》及《2003年汕头市海洋与渔业环境监测方案》，广东省海洋与渔业环境监测中心和汕头市海洋与渔业资源环境监测站联合，对汕头市近岸海域进行环境质量监测、赤潮监测监视。在所管辖海域布设多个定期监测点，这些监测点基本覆盖了我市近岸海域、重要的渔业水域（包括海水养殖区、重要的经济鱼类产卵场和索饵场、自然保护区）、主要海洋开发区及重要港口区。

2003年的监测内容主要有定期定点监测、非定期监测和突发事件的应急调查。定期定点监测在3、6、10月份进行，地点为：南澳的南彭勒门列岛保护区、竹栖湾华贵栉孔扇贝养殖区、前江湾、深澳网箱养殖区，澄海莱芜，濠江区，海门港；非定期监测主要是妈屿岛附近海域赤潮频发区的不定期监测；突发事件的应急调查包括10月初发生在南澳海域的沉船事故调查及8-9月份多宗疑似赤潮事件和11月初发生在汕头港外海域的赤潮调查。

根据监测和调查结果，我市主要渔业水域水质良好，氮、磷、COD、石油类、粪大肠菌群数符合增养殖水域水质要求，养殖业自身污染不严重。但是，三江出海口附近海域由于受到陆源排污影响，水质较差，主要超标项目为无机磷、无机氮、石油类、粪大肠菌群数，沉积物主要超标项目为石油类、铅、砷、镉，个别采样点海洋贝类的重金属和粪大肠菌群含量较高。

2003年，汕头海域发生的赤潮1起，由于赤潮区离主要网箱养殖区域较远，未对网箱养殖造成严重危害，但对贝藻类养殖造成较大的损失；渔业水域污染事故1宗，由于沉没油船为空载返航，对海域所造成的油类污染较轻。

评价标准：《海水水质标准》GB3097-1997 第一类 适于海洋渔业水域，海上自然保护区和珍稀濒危海洋生物保护区。第二类 适用于水产养殖区，海上浴场，人体直接接触的海上运动或娱乐区，以及与人类食用直接有关的工业用水区。第三类 适用于一般工业用水区，滨海风景旅游区。第四类 适用于海洋港口水域，海洋开发区。