2004年，为进一步加强近岸海洋生态系统保护工作力度，国家在我省近岸海域设立了杭州湾和乐清湾2个生态监控区，首度实施了海洋生态业务化监测。

杭州湾是世界典型强潮河口湾生态系, 具有很高的生态价值。建立杭州湾生态监控区旨在通过对典型强潮河口湾生态系统中海洋生态环境的变化、湿地与海岸带变迁、渔业资源对海洋开发的响应和海洋生物多样性与生物量的关系等四方面的监测调查，掌握该区域的生态变化背景，合理调整和控制该区域的海洋开发活动，防止该区域生态环境进一步恶化，为杭州湾区域环境与经济的可持续发展提供科学依据。

2004年杭州湾生态监控区监控面积约5000平方公里。

陆源排污、围填海和回流通道不畅等是导致杭州湾生态系统不健康的主要因素。

4.2 乐清湾生态监控区

乐清湾是浙江省一重要的海湾生态系，也是我国水产贝类缢蛏、牡蛎、蚶等的苗种基地。建立乐清湾生态监控区旨在通过对乐清湾海洋生态环境、渔业生物资源、水动力情况及水环境要素等监测，掌握乐清湾海洋生态环境的动态变化趋势，为海洋生态建设、减轻海洋生态灾害损害、区域性海洋生态环境保护和管理提供科学依据。

2004年，乐清湾生态监控区监控面积为463.6平方公里。

2004年生态监测结果表明：乐清湾生态系统处于亚健康状态。受陆源排污影响，春季全部海域受无机氮严重污染，同时60%以上的海域受活性磷酸盐严重污染，夏季近40%的海域受无机氮中度或严重污染，同时60%以上的海域受活性磷酸盐中度或严重污染。乐清湾生态监控区海洋生物多样性下降， 海洋生物群落结构发生改变，20世纪70年代末和80年代初浮游植物有102种，浮游动物有94种，底栖生物栖息密度为86个/m2；2004年生态监测结果为浮游植物54种，浮游动物79种，底栖生物栖息密度为41个/m2。乐清湾大规模的筑堤围垦和堵港蓄淡工程使海岸逐渐趋于平直，曲折率变小，流场改变，水动力减弱，海水交换能力下降，环境容量减少；水流携沙能力降低，海湾沉积速率加剧，海湾淤积状况严重，底质环境发生变化。乐清湾滩涂作为养殖的利用率已由20世纪80年代初的60%提高到现在的90%以上，从而导致经济价值不高的贝类缺少生存空间，总生物量和种类数逐年下降，海洋食物链已经遭到严重破坏，赤潮现象时有发生。

围填海、陆源排污和养殖自身污染等是威胁乐清湾生态系统健康的主要因素。