依据《2004年广东省海洋与渔业环境监测工作方案》及《2004年汕头市海洋与渔业环境监测方案》，广东省海洋与渔业环境监测中心和汕头市海洋与渔业局资源环境监测站联合，对我市近岸海域、重要的渔业水域、主要海洋开发区及重要港口区的海水、海洋沉积物和海洋生物质量为主要内容的全海域环境趋势性监测，加大对海水浴场、海水增养殖区、海洋保护区等海洋功能区的监测力度，加强赤潮频发区的监测监视，在赤潮多发时段，对汕头港外、海门港外海域的赤潮监控区内实施高密度、高频率监测和不间断的跟踪监视，基本涵盖了海洋功能区环境质量、海洋生态状况、海洋环境污染和海洋灾害等多种监测在内的综合性、全方位海洋环境监测。

根据监测结果，我市主要渔业水域水质良好，氮、磷、COD、石油类、粪大肠菌群数等指标均符合增养殖水域水质要求，养殖业自身污染不严重。除少数受陆源直接污染的海域外，重点滨海旅游区及海水浴场水质总体良好。河流入海口附近海域及港口、码头区由于受到陆源排污和船只污水影响，水质仍然较差，主要超标项目为磷酸盐、无机氮、石油类、粪大肠菌群数；沉积物主要超标项目为石油类、砷、镉，个别采样点海洋贝类的重金属含量和粪大肠菌群数偏高，超过海洋生物质量一类标准。

2004年，汕头市共发生赤潮2起，年初汕头港外海域发生棕囊藻赤潮1起，11月份发生棕囊藻、中肋海链藻赤潮1起。由于赤潮区离主要网箱养殖区较远，养殖业受影响小，但附近海域是幼鱼、幼虾保护区和贝类护养增殖保护区，赤潮对我市海域渔业生态环境和渔业生产造成一定影响。