2005年，对深圳河主要入海污染物的监测结果表明，氨氮、磷酸盐和石油类的年均值达到地表水的四类或五类水质标准，为深圳河的主要入海污染物，其它监测指标均达到地表水的一类或二类水质标准（表5.1）。

2005年深圳河年径流量约为3.8亿吨，年排放入海的主要污染物总量约为1924.2吨，其中有机污染物（以化学需氧量计）约为1121.6吨，营养盐（以活性磷酸盐和氨氮计）约为639.4吨，重金属物质通量较低。

表5.1 2005年深圳河排放入海的污染物通量