2006年，珠海海域没有发生较大规模溢油事故。全年共发生藻类过度繁殖3次，2月9日-23日在香洲区沿岸海域发生球形棕囊藻过度繁殖，4月27日和10月23日-11月23日分别在桂山网箱养殖区和香洲区沿岸海域发生多环旋沟藻过度繁殖。4月27日发生的多环旋沟藻过度繁殖引起网箱养殖鱼类死亡，其它藻类过度繁殖未造成死鱼事件。8月初，遭受第6号台风“派比安”外围影响，渔业受灾面积达118145亩，经济损失45118万元。