2006年，根据省、市海洋与渔业局的工作方案，市海洋与渔业环境监测中心认真履行全市海域环境质量监测的职责，加强了陆源入海排污口，海水和淡水增养殖区、海洋自然保护区、海水浴场等海洋功能区以及海洋灾害的监视监测，并开展了海洋渔业资源动态监测。

全年共出动监测人员约370人次，监测船只和车辆约130船（车）次，共获得监测数据3000多个。

监测结果表明，2006年珠海海域环境质量状况和2005年基本一致。远岸海水水质总体良好，近岸海水水质相对较差，多为轻度污染海域，主要海水污染物为无机氮，其次为活性磷酸盐；海洋沉积物质量总体良好；近岸海洋贝类污染物残留水平较低，但是部分重金属含量偏高。2006年，主要陆源入海排污口为D级，对海域环境造成的危害或潜在危害较小，主要或潜在污染物为氨氮和COD。 重点增养殖区的养殖环境总体较好，养殖生物质量基本符合《农产品安全质量 无公害水产品安全要求》（GB 18406.4-2001）。主要海水浴场水质良好。海洋自然保护区环境质量总体较好。2006年的双拖渔获率低于全省平均水平，渔获组成以低质种类为主。

2006年，珠海海域没有发生较大规模溢油事故；遭受台风“派比安”外围影响，损失较大。