2006年，广州市海洋与渔业局组织广州海洋资源环境监测中心等单位在我市辖区内海域开展了以海水、沉积物和生物等为基础的海域环境现状和趋势性监测、渔业资源动态监测、重点渔业增养殖区养殖环境监测、赤潮监视监测、江河入海口污染物总量监测以及陆源入海排污口及邻近海域环境调查与监测。

监测结果表明，2006年广州海域海洋环境总体污染趋势有所减缓，但不容乐观。海水中主要污染物是无机氮、活性磷酸盐、石油类和化学需氧量，各海洋功能区的海水水质基本上能满足其使用功能的需要，但受陆源排污影响较大的河涌口和主要港口的环境质量较差；海域沉积物污染程度较重，局部海域沉积物中重金属铅、砷和石油类超标；海域贝类质量总体状况良好，部分海域贝类体内有机氯农药滴滴涕残留，部分海域贝类体内存在重金属镉和铜等污染。广州海域入海排污口存在超标排放污染物的现象，其邻近海域环境污染状况仍然比较严重，底栖生物群落结构简化，种类单一，河口和湿地等典型生态系统健康状况每况愈下。虎门、蕉门、洪奇门和横门等口门全年排放入海的污染物总量有所增加，约为358万吨。

广州海域全年没有赤潮发生，但存在着发生赤潮的潜在营养物质条件。全年未发现海洋污染事故。