2004年，在国家和地方海洋行政主管部门组织下，各级海洋环境监测机构对我国管辖海域的海洋环境质量状况开展了全面监测，新增了沿岸排污口污染物排海监测和贻贝监测，首次在我国近岸海域设立了15个生态监控区，继续加强了河流污染物入海、海水增养殖区、海洋保护区、海水浴场、倾倒区和油气区等海洋功能区的监测力度。

2004年，承担海洋环境监测任务的机构130余个。动用各类监测船只200余艘，航时12 000多小时，总航程约10万海里；出动海监飞机218架次，航时528小时，总航程近12万公里。共设立各类监测站位4 800多个，获得100余万组监测数据。

监测结果表明，2004年，全海域未达到清洁海域水质标准的面积约16.9万平方公里，比上年增加约2.7万平方公里。近岸海域污染严重，污染海域主要分布在渤海湾、江苏近岸、长江口、杭州湾、珠江口等局部海域；近海大部分海域符合清洁海域水质标准；远海海域水质保持良好状态。近岸海域海水中的主要污染物依然是无机氮和活性磷酸盐。近岸海域沉积物总体质量较好，但局部海域贝类体内的污染物残留水平较高，污染程度加剧。大部分陆源入海排污口污水超标排海，其邻近海域环境污染严重。近岸海域海洋生态系统脆弱，大部分海湾、河口、滨海湿地等生态系统处于亚健康或不健康状态，主要表现在水体富营养化及营养盐失衡、河口产卵场严重退化、生境丧失或改变、生物群落结构异常等。大面积赤潮和有毒赤潮的次数增加，赤潮多发区主要集中在东海及渤海海域。海水浴场环境状况总体良好。倾倒区和油气区环境质量基本符合功能要求。